La storia di questo santuario è stata proposta  su vari libri, grazie a loro, è possibile ricostruire i motivi che inducono ancor oggi i confratelli dell'Assunta a recarsi in pellegrinaggio all'acquasanta. Il Dellepiane (uno storico del santuario), attesta che il santuario sarebbe sorto nel 1360, traendo tale notizia da una non precisa "cronaca del santuario". Nella tradizione popolare la statua della Madonna fu trovata sullo scoglio, ove ora sorge la Cappelletta, da un gruppo di pastori, attratti di notte da molti lumi accesi attorno ad una grotta. Alcuni invece attribuiscono la statua ad un eremita giunto dall'Oriente all'epoca delle Crociate. Soglo gli scavi archeologi potrebbero confermare che il santuario risalga effettivamente a tali date, ovvero XI e XII secolo. 

L'acqua sulfurea che sgorga alla base del masso ebbbe una importanza notevole per la trasformazione del posto; sicuramente gli si deve l'appellativo di "Santa". Per comprenderew come il santuario sia entrato nel vissuto dell'Arcoconfraternita si deve ricordare che un documento attesta il conferimento a prete Grafigna Bernardo, oltre alla chiesa di Sant'Ambrogio di Voltri, anche dell'"oratorio dell'Acqua Santa" già conferito AD VITAM il 20 febbraio 1508 all'arciprete di Prà, Pietro Rossi, da Domenico Valdettaro vicario della Curia di Genova. Prima di quell'anno il santuario faceva parte della parrochia dell'Assunta e quindi era logico che rientrasse nei luoghi visitati dall'arciprete durante la sua azione pastorale. Anticamente si andava in processione all'Acquasanta in occasione delle Rogazioni, abitudine che è rimasta. Nel seicento si ebbe una forte crescita della devozione a Nostra Signora dell'Acquasanta.

Vari parroci si susseguirono nel possesso territoriale del santuario. il 30marzo 1617 mons. Domenico De Marini, arcivescovo, considerando che al santuario "accorre la massima moltitudine di popolo per sciogliere i suoi voti e per lo più vengono offerti voti ed elemosine" ordinò che fosse tenuto conto delle offerte ricevute. Tra le offerte vi erano quelle della Confraternita dell'Assunta, come testimoniano i libri di cassa. Nel 1750, per iniziativa del sac. Francesco Piccardo sorse, a monte della cappelletta, la Scala Santa in cima alla quale spicca la statua dell'ECCE HOMO. E' noto che la Scala Santa è una riproduzione di quella salita da Gesù a Gerusalemme nel palazzo di Pilato, fatta smontare e quindi trasferita a Roma da Sant'Elena, madre dell'imperatore Costantino. La scalinata, che recentemente è stata restaurata, viene tuttora risalita dai confratelli con i "Cristi" in CROCCO e dalla Madonna. Oggi, come secoli fà, i fedeli accorsi in pellegrinaffio al santuario seguono trepidanti la fatica dei "cristezanti" poichè in essi riconoscono l'intento di offrire alla Vergine il sacrificio della fatica ed idealmente vi si identificano, forse disponendosi a prendere la propria croce sull'esempio di Cristo. Il 10 giugno 1720 venne eletto questore Giuseppe Venzano con la facoltà di racogliere, per il santuario, le elemosine in tutta l'Arcidiocesi. Questo testimonia come ormai il culto fosse diffuso nel genovesato. Nel 1738 il parroco di Sant'AMbrogio protestò perchè l'arciprete di Prà cantò messa al santuario. In tale occasione egli aveva anche approfittato per esporre delle pubblicazioni e spiegare il Vangelo. Il fatto venne ritenuto un abuso, poichè all'epoca era tradizione che la S. Messa fosse celebrata dal cappellano dell'oratorio; per il resto tutt ricadeva sotto la giuridizione del parroco di Voltri. La grande affluenza cominciò a causare problemi anche di ordine morale: i protettori del santuario, nel 1784, si lamentarono, ad esempio, perchè presso la chiesa si tenevano giochi e feste da ballo. La protesta si levava anche ad altri santuari , ma non fù mai presa troppo sulserio. E' ovvio che la gente si sposti oltre che per la preghiera anche per il bisogno di coovivialità. Il 21 novembre 1832 si celebrò al santuario il matrimonio di Ferdinando II il Borbone, Re dell Due Sicilie, con la principessa Maria Cristina di Savoia, figlia di Vittorio Emanuele I e di Maria Teresa d'Austria-Este.

Ai piedi della Scala Santa

Le cappe di testa
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Il Cristo Bianco mentre sale la Scala Santa